(19)国家知识产权局 (12)发明 专利 (10)授权公告 号 (45)授权公告日 (21)申请 号 202210089350.4 (22)申请日 2022.01.26 (65)同一申请的已公布的文献号 申请公布号 CN 114116857 A (43)申请公布日 2022.03.01 (73)专利权人 北京晶泰科技有限公司 地址 100089 北京市海淀区中关村东路8号 东升大厦B座70 6 (72)发明人 王天元　吴炜坤　黄健　 (74)专利代理 机构 北京康信知识产权代理有限 责任公司 1 1240 专利代理师 周春枚 (51)Int.Cl. G06F 16/2458(2019.01) G06F 16/23(2019.01)G06F 16/215(2019.01) (56)对比文件 CN 112365919 A,2021.02.12 WO 201816 5046 A1,2018.09.13 CN 112365919 A,2021.02.12 US 2007027630 A1,2007.02.01 CN 113838523 A,2021.12.24 CN 104530228 A,2015.04.2 2 WO 2010056893 A1,2010.0 5.20 CN 106661629 A,2017.0 5.10 吴永强等.人源化单 克隆抗体 研究进展. 《微 生物学免疫学进 展》 .2008,(第02期), 审查员 郭佳 (54)发明名称 抗体数据库 的生成、 更新和查询方法、 装置 及存储介质 (57)摘要 本发明公开了一种抗体数据库的生成、 更新 和查询方法、 装置及存储介质。 其中， 该抗体数据 库的生成方法包括： 获取原始抗体的结构信息和 序列信息； 解析原始抗体的序列信息， 对序列信 息中的抗体序列进行抗体编号； 若抗体编号成 功， 对原始抗体的结构信息进行数据清洗和结构 优化， 得到优化后的目标抗体的结构信息； 根据 目标抗体的结构信息生成抗体数据库。 本发明解 决了现有的抗体数据库中的抗体数据不完整， 导 致抗体数据库的使用体验差的技 术问题。 权利要求书4页 说明书18页 附图3页 CN 114116857 B 2022.06.17 CN 114116857 B 1.一种抗体数据库的生成方法， 其特 征在于， 包括： 获取原始抗体的结构信息和序列信息； 解析所述原始抗体的序列信息， 对所述序列信息中的抗体序列进行抗体编号； 若抗体编号成功， 对所述原始抗体的结构信息进行数据清洗和结构优化， 得到优化后 的目标抗体的结构信息； 根据所述目标抗体的结构信息生成抗体数据库； 在对所述原始抗体的结构信息进行数据清洗和结构优化之前， 所述方法还包括： 解析 所述原始抗体中抗体编号成功的抗体序列对应的结构信息， 得到对应的抗体链结构； 对每 条所述抗体链结构进行配对， 得到配对结果， 所述配对结果包括配对成功的抗体链结构组 成的抗体以及无配对的抗体链结构形成的抗体； 所述对所述原始抗体的结构信息进行数据 清洗和结构优化， 得到优化后的目标抗体的结构信息， 包括： 对配对后形成的各抗体的结构 信息进行 数据清洗和结构优化， 得到优化后的各目标抗体的结构信息 。 2.根据权利要求1所述的生成方法， 其特征在于， 获取原始抗体的结构信息和序列信 息， 包括： 根据检索关键词从蛋白质结构数据库中下载并获取与所述检索关键词相关联的抗体 的结构信息和序列信息， 并将获取到的抗体的结构信息和序列信息作为原始 抗体的结构信 息和序列信息 。 3.根据权利要求1所述的生成方法， 其特 征在于， 所述方法还 包括： 若所述序列信 息中存在一个或多个抗体序列编 号失败， 从所述序列信 息中删除该编号 失败的抗体序列。 4. 根据权利要求1所述的生成方法， 其特征在于， 所述对每条所述抗体链结构进行配 对， 得到配对结果， 包括： 获取每条所述抗体链结构与其余抗体链结构之间的距离， 根据 所述距离对所述抗体链 结构进行配对， 得到配对结果； 和/或 获取每条所述抗体链结构与其余抗体链结构之间存在相互作用的目标原子的数量， 根 据所述目标原子的数量对所述 抗体链结构进行配对， 得到配对结果。 5.根据权利要求1所述的生成方法， 其特征在于， 所述解析所述原始抗体中抗体编号成 功的抗体序列对应的结构信息， 得到对应的抗体链结构， 包括： 解析所述原始抗体中抗体编号成功的抗体序列对应的结构信 息， 若一条抗体序列中同 时存在重链结构和轻链结构， 对所述抗体序列进行结构切分为重链结构和轻链结构， 以得 到每条所述抗体序列对应的抗体链结构。 6.根据权利要求1所述的生成方法， 其特征在于， 对所述原始抗体的结构信 息进行数据 清洗， 包括以下至少一种操作： 对所述原 始抗体的抗体结构中的多重占位信息进行删除； 对所述原 始抗体的抗体结构中的无法被识别的预设残基进行删除处 理； 将所述原 始抗体的抗体结构中的非标准氨基酸 转换为对应的标准氨基酸。 7.根据权利要求1所述的生成方法， 其特征在于， 对所述原始抗体的结构信 息进行结构 优化， 得到优化后的目标抗体的结构信息， 包括： 对经过数据清洗后的原 始抗体的结构信息进行解析， 得到对应的抗体结构序列；权　利　要　求　书 1/4 页 2 CN 114116857 B 2将所述抗体结构序列与所述序列信 息中对应的抗体序列进行比对， 确定所述抗体结构 序列中的缺失部分； 对所述缺失部分进行结构补全， 并对补全后的抗体结构进行能量最小化处理， 得到优 化后的目标抗体的结构信息 。 8.根据权利要求7所述的生成方法， 其特征在于， 在对所述原始抗体的结构信 息进行结 构优化之后， 所述方法还 包括： 对所述目标抗体的抗体结构序列进行抗体编 号， 以对所述原始抗体的抗体编号进行更 新。 9.根据权利要求1所述的生成方法， 其特征在于， 在根据 所述目标抗体的结构信 息生成 抗体数据库之前， 所述方法还 包括： 检测所述目标抗体中的主链结构是否发生断裂； 若所述主链结构发生断裂， 利用预设结构参数对所述主链结构进行结构修复， 得到修 复后的目标抗体； 所述根据所述目标抗体的结构信息生成抗体数据库， 包括： 利用所述 修复后的目标抗体的结构信息生成抗体数据库。 10.根据权利要求1所述的生成方法， 其特征在于， 在根据所述目标抗体的结构信息生 成抗体数据库之前， 所述方法还 包括： 检测所述目标抗体的抗体编号是否存在异常； 若抗体编号存在异常， 删除抗体编号异常的目标抗体， 得到抗体编号 正常的目标抗体； 所述根据所述目标抗体的结构信息生成抗体数据库， 包括： 利用所述 抗体编号 正常的目标抗体的结构信息生成抗体数据库。 11.根据权利要求1 ‑10任一项所述的生成方法， 其特征在于， 所述抗体数据库包括抗体 结构数据库、 抗体特 征数据库和抗体序列数据库中的至少一种。 12.根据权利要求11所述的生成方法， 其特征在于， 当所述抗体数据库包括所述抗体结 构数据库时， 根据所述目标抗体的结构信息生成抗体数据库， 包括： 根据所述目标抗体的结构信息确定所述目标抗体的抗体类型， 其中， 所述抗体类型至 少包括： 双链抗体、 单链抗体和单域 抗体； 生成与所述 抗体类型对应的所述 抗体结构数据库。 13.根据权利要求11所述的生成方法， 其特征在于， 当所述抗体数据库包括所述抗体特 征数据库时， 根据所述目标抗体的结构信息生成抗体数据库， 包括： 提取所述目标抗体的特征信息， 所述特征信息至少包括以下之一： 结构信息、 序列信 息、 编号信息、 配对信息、 结构优化信息； 根据所述特 征信息生成所述 抗体特征数据库。 14.根据权利要求13所述的生成方法， 其特征在于， 在所述抗体数据库还包括所述抗体 序列数据库时， 在提取 所述目标抗体的特 征信息之后， 所述方法还 包括： 从所述特 征信息中提取目标序列信息； 基于所述目标序列信息生成所述 抗体序列数据库。 15.一种抗体数据库的更新方法， 其特 征在于， 包括： 获取新增抗体的结构信息和所述 新增抗体的序列信息；权　利　要　求　书 2/4 页 3 CN 114116857 B 3